Hosszú évekre visszanyúló história a Jacobsen vs. Katzer. Az ügy végére öt év után került pont. A nyílt forrás nyert, Bruce Perens szerint a győzelem történelmi. A gyártó, aki megpróbált szerzői jogdíjat bezsebelni a nyílt forrású fejlesztőtől, elvesztett két szabadalmat. A megkötött egyezség értelmében a gyártó - aki 100 000 dollár kártérítést fizet nyílt forrású fejlesztőnek -, elfogadta, hogy végleges eltiltás alá helyezzék, és végül aláírt egy olyan dokumentumot, amely felmenti a nyílt forrású projekt összes tagját mindenféle kötelezettség alól. A per anyagát nem titkosították, így az napvilágra kerülhetett.
A történet egy fizikusról, Bob Jacobsen-ről szól, aki amellett, hogy a U.S. Department of Energy egyik laborjának, a Lawrence Berkeley Labs-nak alkalmazottja, szenvedélyes modellvasút hobbista. A '90-es években, mikor a modellvasutakat standardizálták, Jacobsen és nyílt forrású csapata megalkotta a JMRI névre hallgató, egy rakás Java eszközből álló csomagját, amellyel modellvasutakat lehet konfigurálni és irányítani.
Valahol itt lépett a képbe Matthew Katzer. A hobby nagy üzlet. Katzer cége modellvasutakat irányító szoftvereket gyártott. Katzer olyan szoftverre adott be szabadalmi kérvényt 1998-ban, amelyekről Jacobsen azt állítja, hogy nem Katzer innovációi. Katzer nem említette meg a szabadalmi kérvényt vizsgálónak, hogy tud más létező termékekről és feltalálókról. Kihasználva a szabadalmaztatási folyamat kiskapuit, Katzer további "folytatásokat" adott hozzá kérvényéhez a 2000-es években. Az amerikai szabadalmaztatási rendszer lehetővé teszi a korábban benyújtott szabadalmak kibővítését, folytatását az érvényben levő szabadalom ideje alatt.
Jacobsen azt állította, hogy Katzer olyan funkciókat szabadalmaztatott, amelyeket a JMRI nyilvános levelezési listáján folyt beszélgetésekben olvasott. Mivel Katzer az eredeti szabadalmi kérvényt 1998-ban adta be, majd később a kiskaput kihasználva 2002-ben "folytatott", úgy látszott, hogy Katzer a levlistán olvasottakat 1998-ban - az eredeti bejegyzés dátumán - jegyeztette be, így állíthatta azt, hogy övé az elsőbbség.