Mark Murray eltávolította a FreeBSD alaprendszeréből a PERL-t. A FreeBSD 4.x továbbra is tartalmazni fogja az értelmezőt, de a következő kiadás, a FreeBSD 5.0 már nem. A PERL ezentúl a ports gyűjteményben lesz karbantartva és telepíteni is onnan kell majd.A műtétet egy hosszas vita előzte meg, amelyben végülis győztek Murray érvei.
A kérdést, miszerint a PERL maradjon-e az alaprendszerben, vagy portként legyen telepíthető a továbbiakban, az vetette fel, hogy a PERL forráskódból eltávolítottak egy modult, amelyet a PERL közösség rossz néven vett. Murray ezután írt egy levelet, amelyben összefoglalta a két lehetőség (bent marad, kikerül) előnyeit, hátrányait.
Ebben a levélben a legfőbb okok, amelyek a PERL eltávolítása mellett szóltak:
- a PERL közösség "mindent vagy semmit" hozzáállása (vagy a teljes PERL legyen elérhető, vagy semmi),
- a PERL forráskódjának egyre gyorsabban hízik, illetve a PERL rendszeren belüli karbantartása, frissítése rengeteg bonyodalmat okoz
- a FreeBSD-nek, mint operációs rendszer meglehetősen szerény PERL igénnyel rendelkezik, a jelenlegi PERL-re épülő scripteket ki lehet váltani egyszerűbb megoldásokkal is (C, sed/awk, stb)
A FreeBSD alaprendszerébe 3 évvel ezelőtt került be a PERL (Mark Murray révén), a NetBSD alaprendszere nem tartalmazza a PERL-t, az OpenBSD pedig 1996 augusztusában importálta a PERL forráskódot.