Debian mysql timeout

Sziasztok!

Van egy szerverem ahol probléma lehet a mysql adatbázissal, illetve arra gyanakszok.
Debian lenny fut rajta, etchról lett annó frissítve.

A probléma a következő: fut a szerveren egy pureftpd-mysql, egy irc szerver ami mysqlt használ.
Random időközönként pár percre timeoutol mindkettő szerver bejelentkezésnél, van hogy egy nap többször is.
Arra gyanakszom hogy a sql socket akad el valahol ami blokkolja a többi socketet.

mysqlben egyszerre engedett kapcsolatok száma 1000db és phpmyadmin által jelzett egyidejű max. kapcsolatok száma: 62

ulimitben az egyidejűleg megnyitott fájlok limitje jócskán meg lett növelve. (-n kapcsoló).
Ami még említésre méltó hogy az idő alatt míg nem érhető el pureftpd, irc szerver login, webszerveren sql tökéletesen működik.
Mivel a szerverben igen kevés ram van 2gb arra is gondoltam hogy esetleg az miatt van, de felhasználtsága nagy része csak cache (~1gb)
Szerver load minimális, terheltség alig van.

Megköszönném ha tudnátok ötleteket adni hogy mi okozhatja ezt és hogy hogyan tudnám orvosolni.