Így utólag visszagondolva a problémát az okozta, hogy kikapcsoltam a 'Munkamenet változásainak automatikus mentése' opciót a 'Munkamenetek' beállításnál...
Az eredmény: indításkor a GNOME megtorpant a Metacity betöltésekor és kb. 2 perc után folytatta az indítást...
Mikor visszakapcsoltam, akkor rendbe jött minden...
Ez gyors lefolyású dolognak tűnik, pedig valójában a "kikapcsolás" emlékezeteim szerint néhány hete vagy hónapja volt - akkor rendben működött az egész - és a hiba akkor jött elő, mikor még FC5 alatt utoljára frissítettem a GNOME-ot. A problémán az FC6-ra való váltás se segített...