Nekem az a véleményem, hogy a ZFS verzió Proxmox esetében könnyebben telepíthető és kezelhető, mert GUI szintig támogatott. A másikat kézzel kell csinálni és felügyelni. Azt nem gondolom, hogy rosszabb lenne stabilitásban, mert egy sima Debian 9 az alap, szóval miért lenne bármi baj az MD+LVM-mel.
A teljesítmény max. mérve térhet el kicsit, de használat közben szerintem nincs érdemi különbség, lévén mindkét rendszer szoftveresen dolgozik (azonos CPU-n), és mindkettővel két tükröt tudsz kialakítani ilyen hardverre, ami nem jár semmiféle paritás számítással, így extra CPU igénnyel sem.
Tény, hogy kb. 4 GB memóriáról le kell mondani, mert annyit érdemes (sőt, muszáj) fenntartani a ZFS-nek (a gyári konfig az össze memória 50%-a, szóval telepítés után ezen mindenképp állítani kell, sokkal több memóriával rendelkező gépen is). Cserébe az LXC konténerek spórolnak egy csomó erőforrást ahhoz képest, mintha ugyan annyi VM-et futtatnál.
Egy ilyen rendszeren SSD-vel leginkább úgy tudsz gyorsítani, ha 2 db-ból építesz egy tükröt valamelyik HDD pár helyett, és azon lesz az OS meg a VM-ek (és a másik, HDD-s tükrön az adatok). Egyetlen HDD 100-200 IOPS-nél többet nem tud (sima 2 lemezes tükörnél pedig az egy HDD-s IOPS számít), így az lesz a szűk keresztmetszet, nem az írási vagy olvasási sebességek.
Ezen felül ZFS esetében ne is gondolkozz sem SLOG sem L2ARC beüzemelésén, mert mindkettő csak speciális esetekben és csak bizonyos dolgokat segít meg, nem általános cache varázsszerek (persze elmondom bővebben, ha érdekel/fontos lenne).