[KV] A lezárásoknak köszönhetjük az agresszívebb mutációkat?

The Critic angol újság honlapján jelent meg egy érdekes cikk: Mutant variations and the danger of lockdowns

Egy érdekes hipotézist fejteget, ami az evolúción alapul és úgy tűnik, hogy a meglévő adatok is alátámasztják ezt.

A lezárások mögötti hipotézis az, hogy a személyek közötti interakciók jelentős csökkenése egy populációban a fertőzés arányának és a vírussal összefüggő halálozások számának csökkenéséhez vezet.

Ezen hipotézis mentén a világon szinte mindenütt kisebb-nagyobb lezárásokkal próbálták a fertőzés terjedését lassítani és így a halálozásokat csökkenteni. Az utóbbi egy év tapasztalatai nyomán, számos tanulmány alapján úgy látszik, hogy ez a feltevés megdőlt.

A cikk összehasonlítja az erős lezárást alkalmazó UK és az alig korlátozó Svéd adatokat. A hipotézis alapján UK-ban kellett volna sokkal kevesebb halálos áldozatnak lennie, miközben Svédországban lett kevesebb.

Ezen kívül még az amerikai államokat hasonlítja össze, amelyek lezártak és amelyek nem. Nem nagyon látszik különbség közöttük.

Ha a lezárásokat megalapozó hipotézis megbukott, akkor mégis mi történhetett?
Ezt boncolgatja tovább a cikk.

( bennyh | 2021. 03. 09., k – 16:42 )

Szerkesztve: 2021. 03. 09., k – 16:43

A svéd egészségügy jobb mint a többieké, viszont a svéd statisztikusok meg rosszabbak :D

Mázlijuk volt, vagy jobban tudták modellezni a vírus terjedését/fejlődését/hatásait. Én nem kárhoztatok egy vezetőt sem a lezárások ténye miatt, de a svédeket sem tartom felelőtlen bandának. Tették sok helyen azt, amiről gondolták, helyes, az információk meg eleinte nem voltak egyértelműek, és most a mutánsokkal és az oltásokkal kapcsolatban is mindenfélét hallani.

Színes vászon, színes vászon, fúj!

Kérem a Fiátot..

( zZsOlTi v | 2021. 03. 09., k – 16:52 )

Köszi, érdekes cikk, főleg az evolúciós fejtegetés..

( XMI | 2021. 03. 09., k – 17:05 )

Beleolvastam (nem teljesen vegig), de jol gondolom, hogy nem foglalkozik olyan tenyezokkel, hogy melyik orszag mennyi genetikai elemzest vegez?

Mert az egesz hipotezist felborithatja, ha kiderul, hogy a "brit" (aka. kenti, vagy B.1.1.7) varians nem is ott alakult ki, hanem behurcolt (Olaszorszagot gyanitjak eredeti forrasnak), es csak azert hivjuk britnek, mert ott vegeztek eleg nagyszamu genetikai vizsgalatot, hogy eloszor felismerjek.

Ugyanez volt USA-ban, amikor a brit, brazil illetve del-afrikai variansokat elkezdtek genvizsgalattal keresni, akkor dobbentek ra, hogy van egy sajat "kaliforniai" variansuk is.

Mint ahogy a cikkben emlegetett PCR teszt altali kimutatast kifejezetten elkerulo mutaciok otlete is santit, mert a PCR teszt az S-feherje tobb reszere is illeszkedik, es egy pontmutacio egyszerre csak egyet tud hatastalanitani. Gondolom a szerzo az otletet pont onnan vette, hogy az angliai standard PCR tesztek egyik reagens csikja veletlenul pont a brit varians egyik mutaciojanak (asszem a del69-70) helyere erzekeny. Viszont ezaltal nem hogy elrejtozik, hanem eppen hogy feltunobb lett, mert a normal 3 helyett 2 csikos pozitiv teszteredmenyek utjan genetikai teszt nelkul is azonosithato lett az uj varians.

Az egesz alapotletet akkor lehetne egyaltalan komolyan venni, ha az uj variansok elonye az eredeti tipussal szemben csak lezaras eseten jelentkezne. De nem ez a helyzet, alapbol is 51-56%-al nagyobb a terjedesi ratajuk. Ez mindenfele emberi beavatkozas nelkul is akkora elony, amitol siman dominassa valik az uj varians.

Régóta vágyok én, az androidok mezonkincsére már!

Mert az egesz hipotezist felborithatja, ha kiderul, hogy a "brit" (aka. kenti, vagy B.1.1.7) varians nem is ott alakult ki, hanem behurcolt

Szerintem ez nem boríthatja fel, mert mindegy hol alakul ki, a lényeg inkább az, hol kezd el terjedni és hol kezd el visszaszorulni.

Mint ahogy a cikkben emlegetett PCR teszt altali kimutatast kifejezetten elkerulo mutaciok otlete is santit, mert a PCR teszt az S-feherje tobb reszere is illeszkedik, es egy pontmutacio egyszerre csak egyet tud hatastalanitani.

Nem sántít, mert millió mutáció terjeng egyszerre és egyre több és több részük mutálódik. Azon mutációk, amelyek verseny előnybe kerülnek az adott környezet alapján, azok jobban szaporodnak, több lesz belőlük, amelyek meg verseny hátrányba, azok meg fogynak.

De nem ez a helyzet, alapbol is 51-56%-al nagyobb a terjedesi ratajuk.

Ezt a számot nem tudom honnan veszed. Arra meg kíváncsi lennék, hogy hol terjed jelenleg ilyen nagyobb fertőzőképességű variáns, ahol nincs lezárás, távolságtartás és maszk használat, ahol ezt össze lehetne hasonlítani.
Egyébként meg épp az a lényeg, hogy lezárások, távolságtartás és maszk esetén a nagyobb fertőző képességűek vannak előnyben, a kisebb fertőzőképességűek meg hátrányban, mert ritkán van alkalma fertőzni, akkor meg kisebb eséllyel fog.

Az alapelvben igazad van, de meg kene mutatni, hogy tenyleg versenyelonybe kerul a mutacio a lezarasok hatasara. Es az eredeti cikk "otletelesei" elsore jonak hangzanak, de tobbnyire borulnak, ha elkezded reszleteiben vizsgalni oket.

A hol alakul ki es a hol kezd terjedni azert lehet relevans kerdes, mert a cikk alapjat kepezo korelacio lehet hogy nem is annyira eros.
#define Kialakul_valahol: a random letrejovo es tobbsegeben rovid uton ki is halo soktizezer varians kozul ott valasztodik ki es valik terjedo leszarmazasi vonalla. Ebben szerintem kb egyetertunk.

Viszont ha a lezaras egyforma szorzotenyezovel rontja a terjedesi ratajat az erdeti tipusnak es az uj variansnak, akkor a lezaras igazabol nem differencial a ketto kozott. Egyszeruen a jobb alapveto terjedesi tenyezo dont, fuggetlenul a lezarastol.

A PCR tesztes pelda:

Ha egy 3 csikos PCR tesztbol csak 2 csik lesz pozitiv, az csak akkor tud versenyelonyt jelenteni a virusnak, ha ezt mi ugy ertelmezzuk, hogy az illeto "nem fertozott". Viszont Angliaban nem ez tortent, hanem eppenhogy akiknel ilyen erdemeny lett, azokat a szokasosnal is alaposabban kontaktkutattak, es lehetoseg szerint szekvenalasra is bekuldtek a mintajat. Valamint ahol teruletileg ennek a valtozatnak emelkedett az elofordulasa azt az angol rendszerben magasabb "Tier"-be soroltak, vagyis ott szigorubb lezarasai szabalyok leptek eletbe. London kornyeken a Tier-4 gyakorlatilag egesz napos teljes kijarasi tilalmat jelentett, kb alapveto elelmiszerekert mehettel ki. Nehezen latom, hogy ilyen kornyezet hogy lehet elonyos a virusnak.

 

Az 56%-os ertek innen van: https://cmmid.github.io/topics/covid19/reports/uk-novel-variant/2020_12_23_Transmissibility_and_severity_of_VOC_202012_01_in_England.pdf

"We estimate that VOC 202012/01 is 56% more transmissible (95% credible interval across three regions 50-74%) than preexisting variants of SARS-CoV-2"

Az 51% egy masik study volt, aminek most hirtelen nem talalom a hivatkozasat. Teljesen mas modszerrel csinaltak, de konfidencia-intervallumon belul ugyanaz jott ki.

Most igy nem vallalkoznek ra, hogy itt reszleteiben elmagyarazzam, ami a cikkben le van irva. Bonyolulut statisztikai varazslas... igazabol csak remelem, hogy helyes, mert visszaellenorizni biztosan nem tudom.

Régóta vágyok én, az androidok mezonkincsére már!

Viszont ha a lezaras egyforma szorzotenyezovel rontja a terjedesi ratajat az erdeti tipusnak es az uj variansnak, akkor a lezaras igazabol nem differencial a ketto kozott.

Ha egyforma szorzótényezővel rontja, akkor valóban nem kerül hátrányba, de ha az egyik még mindig tud terjedni, míg a másik szinte semennyire, akkor mérhetetlen hátrányba kerül.

Ha egy 3 csikos PCR tesztbol csak 2 csik lesz pozitiv, az csak akkor tud versenyelonyt jelenteni a virusnak, ha ezt mi ugy ertelmezzuk, hogy az illeto "nem fertozott". Viszont Angliaban nem ez tortent,

Itt pont a 3 csíkos került versenyelőnybe a 2 csíkossal szemben. A csíktalan meg még nagyobb versenyelőnybe. ;-)

"de ha az egyik még mindig tud terjedni, míg a másik szinte semennyire, akkor mérhetetlen hátrányba kerül."

Elsőre én is ezt gondolnám, hogyha az eredeti reprodukciós rátát sikerül leszorítani 1 alá, de az új variáns 1 felett marad, akkor az eredeti kihal, az új pedig fennmarad. Végül is logikus.

Aztán egy kis számolással kiderül:

Lezárás nélkül:

Tfh.

Eredeti R=3
Angol R=4.5
Továbbfertőzési iteráció 5 nap.

Ezek tudtommal jelenleg a nagyjából elfogadott valós értékek.

Induljunk ki 1-1 emberből (csak hogy ne ütközzünk hamar a lakosságszám korlátjába)

30 nap, azaz 6 generáció múlva:
3^6 = 729
4.5^6 = ~8303.7

8303.7656/(8303.7656+729) = 0.9192

Vagyis az össz-fertőzöttek ~92%-a az új variánst hordozza, mindösszesen 1 hónap után.

Lezárással:

Tfh. a lezárás minden terjedési rátát 1/4-ére csökkent.

Eredeti R'=0.75
Angol R'=1.125

Nemrég valamelyik hírportálon (lusta vagyok kikeresni) olyat olvastam, hogy Mo.-on a régi variáns terjedési rátája 0.8, míg az újat talán 1.2 körülire tippelik, vagyis a korlátozások 1/4-es tényezője nagyjából reális becslés lehet a hazai helyzetben.

Ezúttal induljunk ki 1000-1000 fertőzöttből (mivel a számok lefele fognak menni)
30 nap, azaz 6 generáció múlva:

.75^6*1000 = 177.9
1.125^6*1000 = 2027.2

2027.2/(2027.2+177.9)=0.9193

Vagyis pont ugyanott vagyunk, 92% az előnye az új variánsnak.

Természetesen, sok hónap után előbb-utóbb 1 alá csökken az eredeti variánst hordozók száma, és kipusztul, míg az új fennmarad. Vagy a másik véglet, hogy a lakosság akkora hányada fertőződik meg, hogy már kialakul nyájimmunitás és az kezdi torzítani az eredményt. De ez kevés helyen történt meg.

Viszont, ahol ez a két szélsőség nem állt be, ott pontosan ugyanúgy fognak a régi-új arányok alakulni, függetlenül a lezárástól.

Régóta vágyok én, az androidok mezonkincsére már!

Ezt írtam korábban:

Ha egyforma szorzótényezővel rontja, akkor valóban nem kerül hátrányba,

Tehát ebben egyetértettünk, hogy ha így van, akkor nem kerül hátrányba. Erre hoztál most számolós példákat.

Ha viszont nem egyforma szorzótényezővel rontja, hanem pl. ugyanolyan mértékkel, pl. Rd=2 -vel csökkenti, akkor az

Eredeti R'=1,
Angol R'=2,5 lesz.

Azt hiszem sok számolgatás itt nem is kell. ;-)

Egyébként a számolgatást meg inkább úgy kellene kezdeni, hogy van 1000 eredeti vs 10 angol, mivel azt nézzük, hogy egy új mutációval mi lesz. Ilyenkor nagyon gyorsan átrajzolódik az arány. 6 generáció alatt a 10%-ról 50% fölé megy.

Ha viszont nem egyforma szorzótényezővel rontja

Az ilyenre a spártaiak lakonikus beszédben annyit modtak, hogy "Ha..."

Akkor nézzük mint mondanak mások, előkerestem:

https://index.hu/gazdasag/2021/03/10/ferenci-tamas-interju/

"a reprodukciós szám 1 fölött van [...] a január végi 0,8 körüli értékről most 1,3-ig jutott" - és tegyük hozzá most már rendszeresen elhangzik, hogy a mostani fertőzések bőven több, mint 90%-a brit változatnak köszönhető. Vagyis az 1,3 valószínűleg már reprezentatív érték, tovább nagyon növekedni nem fog.

Igen, valóban egy kicsit több, mint a lineárisan számolt 1,2 lenne, de közel sem 2,5, mint amivel te számolnál. Vagyis az adatok még mindig azt mutatják, hogy a lezárás, mint szorzótényező közelebb áll a valósághoz, mint a kivonás.

Régóta vágyok én, az androidok mezonkincsére már!

Ezt fejtsd mar ki miert van szerinted igy!

Amig sok nem-immunis ember van, addig a variansok nem happoljak el az embereket egymas elol. Mind az egyiknek lesz 3 embere akit megfertozhet, mind a masiknak lesz atlag 4,5. Ket, kulonbozo valtozattal fertozott embernek feltehetoen nem _mindig_ pont ugyanazok az emberek lesznek a kontaktjai - kulonben egy nagyon kis lakossagu orszagrol beszelnenk. :).

Amit irsz az a jelenseg akkor kezd el megjelenni, amikor mar nyajimmunitas kozel allapot van, es az egyik altal megfertozott ember mar kigyogyult belole, immunitast szerzett, ezert nem tudja a masik megfertozni. Felteve persze, hogy nem kulonbozik a ket varians annyira egymastol, hogy az egyikkel szerzett immunitas nem ervenyes a masikra... (E484K says hello!)

Régóta vágyok én, az androidok mezonkincsére már!

( Elbandi v | 2021. 03. 09., k – 23:39 )

ezt akkor lehetne jol osszehasonlitani ha egyhelyen egyvarosban egyik hazat lezarjak, a masikat nem. de talan meg ugyse. azt hogy ket foldresz ket kulon allamat hasonlitjak, kismillio egyeb tenyezo lehet, amibol csak az egyik a bezaras/nembezaras.

A vegtelen ciklus is vegeter egyszer, csak kelloen eros hardver kell hozza!

ket foldresz ket kulon allamat hasonlitjak

A cikkben UK vs Svédország és az USA államai vannak összehasonlítva. Illetve van még linkelve egy másik cikk, amit én se olvastam még, ahol 30 tanulmányt sorol fel a lezárás nem működéséről.

kismillio egyeb tenyezo lehet, amibol csak az egyik a bezaras/nembezaras.

Ez egyébként igaz. Többek között ezért is szokott az lenni, hogy egyik tanulmány kihoz valamit, egy másik meg kb. az ellenkezőjét. Ezért van szükség sok tanulmányra és azok meta analízisére.

> ezt akkor lehetne jol osszehasonlitani ha egyhelyen egyvarosban egyik hazat lezarjak, a masikat nem.

Így van. És ez igaz kb minden KVssal kalcsolatos megfigyelésre: annyira megváltozott az életünk a lezárásosdi miatt, hogy semmiről nem lehet megmondani, hogy mi minek a hatása. A vicc az, hogy az influenza-prediktor eddig kitűnően működik: előre megmondtam, hogy ősztől rosszabbodni fog, és február végén, márciusban fog tetőzni. Jobban megsaccoltam, mint a "tudósok", akik mindenféle bonyolult modelleket csináltak. Oké, a tetőzés még nem biztos, elvileg lehetne még rosszabb, de megmondom most, hogy nem lesz. És nem a lezárások miatt.

( carlcolt | 2021. 03. 10., sze – 11:47 )

Az en tippem:

Az antitest csak 3-6-8 honapig tart (szerintem nem ez az oka, csak az alabbiba konnyu lenne belekeverni ezt is)

Iteracioszam vs flatten the curve.

Ha hagyjuk, hogy 3-4-5 honap alatt "atmenjen a virus az egesz populacion", akkor rajtunk kivul a virus volt max 10 masik gazdatestben, mire visszajutott. De ha ez egy even at tortenik, akkor tobb gazdatestben tobb ido alatt tobb mutacio letrejohet nagyobb valoszinuseggel.

A kedvenceim azok a Covid-talib faszkalapok, akik tagadjak, hogy van szezonalitasa a virusnak, akkor is, ha ramutatsz, hogy "Dubai meg Szingapur meg tavalynyar Europaban mindennyitva", de kozben a svedeket mar nem Europa tobbi halalozasi aranyahoz hasonlitjak, hanem azzal jonnek, hogy "a tobbi skandinav orszaghoz kepest teljesitett rosszul".

( sandorzsolt | 2021. 03. 15., h – 01:17 )

A Legdurvább Mutáns Amiről Senki Se Beszél Mert Elhallgattatják A Gyíkemberek az új-zélandi. Ők totálisan bezárkóztak, tuti csalnak az adatokkal is, meg amúgy is, ott van Középfölde, ami nemtom miért releváns, de tuti releváns.

Ja, nem, azon országok, amelyek jellemzően:

  • időben zártak
  • kiskapuk nélkül
  • transzparensen kommunikálva
  • részletes adatokkal
  • hatékony információs kampányt vezettek
  • nem síbolták el a kontaktkutatást
  • nem stikliztek a karanténnal (beutazási, vagy közösségen belüli)
  • nem a nepotista kleptokráciát tömték a lehetőségekkel

mind jól jöttek ki belőle.

Hogy kikről beszélek? Tajvan, Új-Zéland, Bhután, Izland, Finnország, Ausztrália, Thaiföld, Japán (az első hullám katasztrófája után rohadtul összekapták magukat), és Dél-Korea is.

Bátyám Tajvanon él, gyakorlatilag minden a normális kerékvágásban megy, ám továbbra is beutazási karanténszigor van (főleg most a nyugati utazókkal szemben), és az emberek már csak megszokásból is hordanak maszkot, pedig rengeteg helyen már nem is kötelező. De mint sok más ázsiai országban, a maszkhordás ott is standard, kiváltképp a szezonális nyavalyák idején.
Itthon utoljára 2019 karácsonyán volt, és hát most se fog hazajönni, pedig idén lesz 40.

És sajnos fordítva is igaz: ahol teljesen elengedték a gyeplőt (pl Brazília Amazónia-vidék, Dél-Afrikai Köztársaság szegénygettói) ott természetes fertőzések útján alakult ki nyájimmunitás az eredeti változatra. És ezzel párhuzamosan szépen ki is szelektálódtak az olyan mutációk, amik kikerülik az eredeti változat elleni immunitást, és most fertőznek egy újabb kört, valamint tartják rettegésben az egész világot.

Régóta vágyok én, az androidok mezonkincsére már!

"Tajvan, Új-Zéland, Bhután, Izland, Finnország, Ausztrália, Thaiföld, Japán és Dél-Korea is"

Azert vegyuk eszre, hogy ezek nem atjarohazak se nem iranyithatatlan oriasallamok, raadasul a maguk modjan onellato zart gazdasagkent is tudnak mukodni. Onellatoak, nem omlanak ossze, mert alapveto aruk nem jonnek at harom orszaggal arrebbrol.

Azt is vegyük észre, hogy ott van egész fekete Afrika több tucat országa.

Lásd a térképen.

Vajon ők is olyan remekül kezelik a járványt, esetleg nagyon jó az orvosi ellátás?

Avagy esetleg nagyon is számít az ország klímája és/vagy az emberek D vitamin szintje?

Fogas kérdés!

A napsutes es 20C folotti homerseklet hatasat nem ertem miert tagadjak annyira intenziven.

Viszont nem biztos, hogy (csak) a D vitamin miatt nincs melegebb korzetekben olyan magas halalozas, es ugy tunik, olyan eros terjedes sem. Sok mas korokozo is akkor terjed a legjobban, amikor kint olyan 5-15 C van, es ezek egymasra felulfertozodhetnek. Mondhatnam, hogy az, hogy pici esellyel van ilyen jellegu felulfertozodes, noveli az eselyet a tuneteket ki nem alakito, igy annyira nem is fertozo eseteknek mar onmagaban is.

Ehhez jon hozza a D vitamin, es hogy esetleg "maskepp tortenhet a levegoben terjedes melegben".

( uid_17626 | 2021. 03. 15., h – 10:42 )

Felteszem, hogy a lakosság fiatalabb része biztosan többet kontaktál, így ők hamarabb átesve az egészen később már nem fertőznek jó darabig ami előny.

Általában is igaz, hogy _minden_ emberi újítás valamilyen formában vissza szokott ütni, a végén van valami nagyon rossz mellékhatása is. Mind társadalmi értelemben igaz ez, mint technológiai értelemben - a technológia társadalmi hatásai miatt. Aki azt képzeli, hogy majd jól bezárja az embereket, és ebből nem lesz óriási baj, az semmit nem tanult a történelemből.

( timi | 2021. 03. 24., sze – 22:13 )

Nemcsak Európából áll a világ. Kína szinte hermetikusan zárt, nemcsak új mutációt kerülték el, de a fertőzöttek és halottak száma is nagyon alacsony. Ausztrália és Új-Zéland földrajzilag is elszigetelt országok, se új mutánsok, se nagy járvány nincs náluk.