Több szempontból sem feltétlenül igaz, amit írsz:
1. az, hogy mennyivel foglal több helyet, attól függ, hogy az egy fájlban tárolásnál milyen adatstruktúrát használsz. Bőven lehet, hogy a fájlrendszer hatékonyabban megoldja, mint mondjuk egy leveldb.
2. az egy fájlban tárolás sem feltétlenül lassabb, mint a több fájl, sőt. Képzelj el egy olyan speciális igényt, ahol a fájlok mérete maximalizálva van, mondjuk 512 kB, és nem lehet bennük null bájt. A fájlok kiírása egész egyszerűen annyi, hogy a legutolsó 512 kB-on lévő pozícióhoz hozzáappendeled. A fájl azonosítója egy szám lesz (hányadik pozíciónál tároltad). A lekérés pedig egy seek és read.
Ez nagyon hatékony lesz minden szempontból (írás, lekérés, tárolás, a fájlrendszernek nem, vagy alig kell metaadatot módosítania, lekérnie, mikor dolgozol vele)...