Figyelj, nulladik körben szard le a beinjektált kódot meg a paranoiát, fordítsd le a standard megoldással, hogy egyáltalán megszólal-e az alkalamzásod. Nem kell valódi telefonra kiraknod, az Android Emulator - az AS-ba integrálva de külön is elérhető - tudja futtatni, semmi érzékeny adat nem megy ki róla sehova. Ha az megvan, hogy a kódod lefordul, és fut, és működik, na akkor lehet szétszedni meg újra összerakni a buildet úgy, hogy megint megszólaljon az emulátoron. Én mindent megértek, de egy tök ismeretlen ökoszisztémát úgy tudsz megismerni a legjobban, ha legalább az ismerkedés időszakában rendeltetésszerűen használod. Aztán amikor már érted, hogy hogy működik a kód a háttérben, akkor utána megalkothatod a te UltimateAndroidBuilder (uab.exe) megoldásodat.
Amúgy, az Android buildelés meglehetősen bonyi dolog, már nem sok mindenre emlékszek a régi próbálkozásaimból, de az NDK és az SDK musthave dolgok, mert az R.java fordításához kell az SDK (és a Gradle is), a többihez az NDK. Ezen felül még az adott platform cuccai is kellenek.
Ha nem akarsz Android Studiot használni, ott van az sdkmanager CLI eszköz: https://developer.android.com/tools/sdkmanager
Régen ennek volt egy GUI-s megoldása is, de azt úgy látom megszüntették, de ezzel szinte biztos, hogy AS nélkül is le tudod tölteni a dolgokat - kicsit nagyobb szopással.
Ami a Gradle-t illeti, én kifejezetten javaslom, hogy azt tartsd meg, mert elég sok szopást meg tudsz vele spórolni Java fordításnál illetve csomagolásnál - az APK csomagokat nem csak be kell ZIP-elni, hanem DEX-elni is kell meg aláírni digitálisan. Erre a Gradle a legegyszerűbb megoldás.