A teljes újrafordítás nem látszik elkerülhetőnek, némi keresgélés után. A Documentation/devicetree/usage-model.rst azt írja, hogy
U-Boot, kexec, and other bootloaders were modified to support both passing a Device Tree Binary (dtb) and to modify a dtb at boot time.
Ehhez képest részleges módosításra legfeljebb a U-Boot látszik képesnek, a keresésem alapján, minden más csak teljes cserét tud, úgy látszik.
Egyébként miért boot után akarod módosítani?