Igazából azt nem értem, hogyan jön ide a java?
Valójában itt egy C libben van a törés. Ha a tomcat rendes java program lenne (régebben még az volt), akkor viszonylag kulturáltan lehetne az ilyen problémákat kezelni: java -classpath ...
Így viszont marad a jó öreg LD LIBRARY PATH de gondolom, hogy ezt neked nem szükséges magyaráznom.