Neked is a szemlélettel van gond, sok mindent fordítva közelítesz meg. Pl. hardvert ne fejlesszél win only alapon, mert nem csak magadat zárod vendor lock-in-be, hanem azokat is, akiknek fejlesztesz (ügyfelek pl.). Ez alapból óriási felelőtlenség. A másik, hogy eleve hardverből olyat nem nagyon éri meg venni, használni, amiről tudod, hogy Windows only, megint ugyanilyen okból. Ezt a disztrófüggő szoftvert nem tudom értelmezni.
Amiket leírtál, arra sokra van alternatíva Linuxon, Firefox, Thunderbird, csomó File Explorer/Intéző klón (tab támogatással, nem kell QtTabbar), FileZilla (ez feleslegessé teszi a WinSCP-t is, bár sok commander klón alá is van SSH/SFTP/FTP modul), VLC, vim (nvim, Gvim, akármi). putty helyett van rendes terminál, rendes SSH támogatással (bár a putty is elérhető natívan, csak épp Linux alatt az holt felesleges, mert bármi jobb nála, hasonló még hozzá az EasySSH), TightVNC helyett Remmina (vagy TigerVNC), IrfanView helyett XnView, Imagemagick, stb., foobar200 helyett deafbeef (bár a FireWire DAC az ma már minden OS alatt necces, újabb Windowsok alatt is, de ki tudja, Linux meghajta-e, ha meghajtja, akkor viszont lejátszófüggetlenül tudja hajtani, nem kell ASIO meg ilyesmi) vagy Strawberry. Ultracopier nem kell, mert rendes fájlkezelők kiváltják Linux alatt, rendesen cache-elve (ha sync-elésre kell, akkor Grsync, vagy CLI rsync), Bullzip csak egy PDF printer, CUPS-ban ugyanazt meg tudod csinálni, igaz kicsit kevésbé felhasználóbarát, de beállítható működőre (meg CLI-ben scriptet is lehetne rá írni), Process Explorer helyett Xfce Task Manager vagy gnome-system-monitor, esetleg Mate System Monitor vagy KSysGuard, ha (feleslegesen) a GUI-hoz ragaszkodsz, de TUI/CLI-sek között is van sok jó erre: htop, btop, glances vagy akár csak rendesen felparaméterezett aliasra hívott ps/pstree. TinyWall helyett gufw (bár ehhez nem kell GUl, egy configfájl szerkesztésével is konfigolható, CLI-ből újraindítható, de akár még tűzfal se annyira kell átlagosabb felhasználásra, ne feledd, hogy a Linux nem malware tanya, amit ilyen téren is állandóan védeni kell, mint ahogy a Windowst, meg jól beállított NAT mögött eleve sok mindentől védve vagy). HxD helyett is Dunát lehet rekeszteni a linuxos hex editorokkal, akár GUI (wxHexEditort próbáltam személyesen), akár TUI kell (ezt használom, ebből is a bvi nevűt, ami neked nem fog tetszeni, de használható), az alternativeto.net és hasonló oldalakkal tudsz alternatívákat keresni egy adott windowsos szoftverhez. A többit nem nagyon tudom micsoda, de lusta vagyok utánanézni, meg alternatívát keresni, mivel ez nem az én feladatom. Persze tudnék keresni, pl. az MPLAB X elérhető állítólag Linux alattt Netbeans alapokon, de az a PIC compiler, amit használ, az bedrótozható tetszőleges IDE-be is, akár vim, akár Visual Studio Code, vagy amit akarsz. Itt most a listában az MPLAB kivételével arra koncentráltam, amit kapásból ismerek, és azokból sem guglizott alternatívát próbáltam ajánlani, hanem jellemzően olyanokat, amiket én is használtam konkrétan, és tudom róla, hogy nem csak névleges alternatíva meg nem használhatatlan szutyok.
Még néhány további alternatíva, ami népszerű szokott lenni: Notepad++ helyett notepadqq, de a proprietary Sublime és UltraEdit van natívan, Total Commander helyett Double Commander, Krusader.