A dev.mysql.com -ról a MySQL 5.7-et próbáltad? Nekem Drupal site-okat kiszolgáló VM-nél volt ilyen problémám. Ragaszkodtak a MariaDB-hez, de klasszik MySQL-re kellett váltani, mert sehogy se jött ki a matek.
Ha a HW RAID-et kiveszed az SSD képletből, nem javul? A Linux mdadm lehet jobban kifuttatja az SSD-ket.
A régi gép véletlenül nem egy magas órajeles Xeon E-1xxx valami és az új pedig egy alap multisocket CPU, ami mondjuk 2,5GHz?