Szerintem nem az FQDN a probléma, az csak egy warning szokott lenni, attól még futna.
Amit feltöltöttél cert-et, az fullchain vagy csak egy sima (szerver) cert? Ugyanis a CA certek között nincsenek ott az intermediate certek általában, így a cert ellenőrzése nem fog sikerülni, ha csak egy sima certet töltöttél fel és azt nem egy ismert root CA, hanem egy intermediate állította ki. Ezen már elbukhat az indulás.