Ez, amit írsz, ez kb. minden disztrón így van. A kernel, init, libc frissítése után még a régi verzió van a memóriában, az új verziók életbe lépéséhez, újratöltéséhez újra kell bootolni, ez alól csak 1-2 corporate disztró kivétel, amit tud live kernel update-et (Ubuntu, RHEL). Nincs ezzel baj, a mai modern gépeken, SSD-vel annyira villám a boot, hogy alig pár másodperc, annyit kibírsz, gyakran a live update sem gyorsabb. A régi szériás NV kártyák is mind szívás kategóriások a legtöbb disztró alatt, amelyek nem ultrarégi verziókkal operáló LTS kövületek.
Ami az illető fájl kitörlését illeti: olvass utána az Arch Wiki-ben, hogy hogyan kell bizonyos nevű csomagok frissülésekor pacman trigger-t hozzáadni, ami lefuttatja a saját szkripted, azzal automatikus tudod törölni a kívánt fájlt, ha frissül az nvidia-akármi nevű csomag. Kicsit macera, de nem nehéz megcsinálni, és le van róla a gond egy életre, nem kell többé kézileg beavatkoznod minden update után.