megjegyezném, hogy a mysql-t vagy pl. innobackupex-szel mented vagy kell egy helyi filesystem snapshot, esetleg megállítod a backup idejére. másképp simán korruptálódhat az innodb.
nincs semmi baj a saját szkripttel, ha jól működik... rsync over ssh rulez...
én zfs/btrfs-re szoktam backupolni, ezt, mint inkrementális backup, nehéz überelni...