Sajnos nem nyert. :( Sem szimpla sem dupla idézőjellel, sem egy sem két \ jellel. Az eredmény a fájlban:
\x00\xFF\x00\xFFKözben utánaolvastam a printf-nek, és teljes útvonallal kiadva már működik, köszönöm! :)
A helyes megoldás tehát:
/usr/bin/printf '\x00\xff\x00\xff' > binfilename