Leblogolom majd szerintem a végső megoldásomat. Amúgy meg kb:
# add user to fuse group + relogin + modprobe fuse
encfs --reverse /home/user /tmp/dir
rsync -av --progress /tmp/dir/ user@szerver:backup/
fusermount -u /tmp/d
Cron-t meg egyebet már egyszerű beállítani. Most még azon gondolkodok, hogy van-e lehetőség ezzel a megoldással bizonyos könyvtárak kizárására, és ha igen, akkor hogyan. Nyilván több EncFS felcsatolást nem szeretnék. Ezt még majd megírom mire jutok.
Symlinkelésen gondolkodok..