Sokat segít, ha szisztematikus elnevezést adsz a C fájlodnak és csak a témával foglalkozol benne, nem össze-vissza szórsz bele mindent. Példa: hálózati kommunikációval a tcpcomm.c és tcpcomm.h fájlokban található tcpcomm_putdata() stb. függvények vannak. És ide nem való olyan függvény, ami compress.c -be lenne való.
Aztán amikor van egy önálló nagy blokk, alkönyvtárba lehet tenni és ott kezelni - akár külön Makefile-val, amit a fő Makefile ügyesen be tud hívni. Picit olyan ez, mint a faszerkezet. Az apró függvényeket már nem feltétlen célszerű a main függvényből hivogatni, arra ott vannak a megfelelő részegységek. Tehát a jó széttagolás szintén sokat segít.
Én legalábbis így csináltam, amikor még nagy projektjeim voltak.
Szép Makefile írását is érdemes elsajátítani.