Ez így van, ráadásul a Gnome Shell és a Unity is abba az irányba indult el, hogy a felhasználónak abszolút ne is kelljen "szembesülnie" a fájlrendszerrel. Viszont ha egy adott alkalmazás fájljait akarom megnézni (ami ezért simán előfordulhat), akkor nyilván jobb, ha ezek egy helyen vannak, mint hogy ha ezek szét vannak dobálva. A GoboLinux-féle hierarchia nekem pl. kimondottan tetszik, és ha jól tudom az OS X is hasonlót használ (fixme).
De egyébként számtalan akadálya van jelenleg a Linux kényelmes felhasználásának desktopon, és jobban meggondolva tényleg nem ez a legégetőbb. Például az egyenesen egy rossz vicc 2010-ben hogy update közben nem lehet csomagokat telepíteni.