Az a baja, hogy két különböző php-t használsz.
Amikor böngészőn keresztül indítod, akkor a php indul, amikor meg paranccsorból, akkor a php-cli. Más konfigfájlt használnak, emiatt van különbség.
/etc/php/apache és /etc/php/cli/ alatt is van php ini, mikor böngészel, akkor az apache alatti, mikor parancssorozol, akkor a cli alatti van érvényben.
--
Ami elől menekülnek, az után szaladnak.