Egyelőre ott tartok, hogy két durva hibát találtam a kódban. Egyet a cpp részben, egyet az arduino kódjában.
Ezt a kettőt kijavítva működik a program. Amennyiben tud kapcsolódni a PC a Commodore-hoz az Arduinon keresztül, úgy a ttyUSB0 eszköz nem tűnik el, stabilan működik a kód. De ha nem tud kapcsolódni, akkor továbbra is kiöli az usb modult. Közben az is kiderült, hogy ilyenkor elég az xhci_pci modult törölni, és újra betölteni.
Az USB halálának konkrét okt még keresem.