1. Valóban nem. De ez alapból nem jelent semmit, te az adott csomagot szeretnéd telepíteni, ha kell, nyilván felrakod. Mindenesetre ha explicit az MS repoban lévő programot teszed fel, akkor nem mondhatod, hogy a tudtodon kívül telepít programot, mert te raktad fel. (amikor Ubuntuztam, és Ubuntu fórumon/IRC csatornán/bárhol egy problémára egyből az volt a javaslat, hogy 'tedd fel ezt vagy azt a PPA-t és jó lesz', nem győztem szólni, hogy vigyázz a 3rd party repokkal, mert ha szar, instabil lesz a rendszered, persze aki gyors eredményt akart, sose hallgatott rám. De akkor is ő kérte, ő szív vele.
2. (feltételezés) Én azt feltételezem, hogy az alap repositoryban nincsenek benne olyan csomagok, amelyek 3rd party repotól függenek. Ha van, az véleményem szerint roppant nagy baj, és innentől kezdve az alap repo megbízhatóságát is aláássa. Az, hogy miért kell, valaki úgy látta jónak, hogy berakja. Persze nem megnyugtató, hogy magát a repot egy, a normál repoban lévő csomag initscriptje tette be...
3. Ha a konteód igaz, az nagy baj, lásd az előző pontra adott válaszomat.