( vilmos.nagy | 2015. 11. 05., cs – 21:12 )

Kicsit belegányolva (nem próbáltam, nem vagyok benne biztos, hogy jó, sry):

int i = 1;
BufferedWriter bw = null;
BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(SOURCE));
String line;
while ((line = br.readLine()) != null) {
    if (line.startsWith(SEP) && i != 1) {
        bw.close();
        bw = new BufferedWriter(new FileWriter(FP + i++ + ".txt"));
    } else {
        bw = new BufferedWriter(new FileWriter(FP + i++ + ".txt"));
    }
    bw.write(line + NL);
}

--
blogom