Működnie kellene. Konkrét tapasztalatom nincs Ubuntu 14ről, de a legtöbb disztribúcióban bele van fordítva a h264 támogatás.
Valószínűbbnek tartom, hogy a konténereddel nem stimmel valami. (.mp4 fájod van)?
Más: Ubuntu (és Debian) alatt ffmpeg helyett libav-t illik használni. Ők azt a forkot támogatják.