Sztem az lehet a baja, hogy az RPI 3,3v logikai jelekkel dolgozik, a GPS, meg ha 5V tápról hajtod, akkor esélyes, hogy 5v logikai jeleket fog kiadni, amit az RPI nem feltétlen fog szeretni.
De az is baj lehet, hogy ha nincs kikapcsolva a soros konzol. -> http://raspberrypihobbyist.blogspot.hu/2012/08/raspberry-pi-serial-port…