Fájl felülíródik.... vagy mégsem?

Sziasztok!

Adott egy gép (régi celeron 700 Mhz, 256 SDRAM), openSuSE 10.0-val. Van egy saját készítésű, PHP alapú nyilvántartó rendszer, mely böngészőből fut. Lehetőség van arra, hogy a dolgozók fájlokat is feltölthessenek (általában word dokumentumokat), melyeken olykor változtatnak és visszatöltik. A fájlok listázására és feltöltésére a "Directory Listing Script - Version 2" szolgál. Engedélyezve van benne a fájlfeltöltés és a felülírás is. A kliensek azok mind Windows XP-k és Mozilla Firefox 3.

A következő érdekes jelenség szokott előfordulni, rendszertelen időközökben:
- a felülírt fájl tartalma nem változik, noha a módosítás időpontja pedig frissül.
Egy általam felülírt fájl friss tartalmát csak valamennyi idő elteltével láttam.
A könyvtár jogosultságok rendben vannak.

Mi lehet a probléma?
PHP 4.4.0 - Apache/2.0.54 (Linux/SUSE)
Több mint 2 és fél éve megy már a rendszer, de fájl feltöltési lehetőség csak mostanában lett.

Előre is köszi.
MysteryKe.

u.i.:
Ha lehet, akkor újabb disztró telepítése nélkül szeretném megoldani a problémát, mert nem engedhető meg egy leállás a rendszerben, főleg így év végén mivel ilyenkor a legnagyobb a kihasználtsága.

Szerk.: Van úgy hogy egyik kliens-gépnél jelentkezik ez a hiba, aztán elmúlik és ezzel egyidőben egy másik kliensről pedig probléma mentesen működik a feltöltés (több egyidejű fájlfeltöltés ki van csukva)