HP, Supermicro, IBM (és noname :) gépeken van FreeBSD/amd64-em és nem tapasztalom a fent leírtakat (jó, mondjuk én nem egy darab desktop gépen próbálom, hanem párszáz szerveren).
Ellenben mikor legutoljára AMD64-es Linuxot próbáltam egy HP DL380G5-ön, pont ugyanezt láttam. :)
Az IA64 más sztori.
A Linux hardvertámogatása jobb, ez kétségtelen. Szerintem elsősorban a desktop cuccokkal lehet probléma, mivel általában a fejlesztők sem ilyen jellegű hardveren nyúzzák.