Anno én is beleszaladtam valami ilyesmibe. Amikor az "Error: Unknown filesystem type" után újraindul, akkor ismét a CD imageről indítsd el a gépet és a partícionálásnál válaszd a 3-as opciót (Use existing partitions). Ezután add meg a root partíciót, stb, stb.
De szerintem vmwarebe, tesztelésre telepített rendszernél nyugodtan rá lehet bízni az automata partícionálást.