Ne legyen semmiféle sh vagy bash a scriptekbe. Ha már java-ban csinálják, akkor csinálják platformfüggetlenül, és akkor dobhatják is a windowsos programot, elég egyet karbantartani. Ráadásul úgy egyszerűbb is. Lehet webstarttal, és akkor az update is meg van oldva, vagy meg lehet írni saját maguknak, vagy ha mindenképp installálni akarnak akkor millió+1 akár free, akár fizetős install framework van, ami teljesen platform függetlenül csinálja a dolgát, max. a windows többségnek csinálhatnak egy .exe -t, hogy ne legyen elvárás a telepített jvm.