A generált grub.cfg rész egy az egyben megegyezik a 40_custom résszel? A grub leírása szerint a chainload valahogy így néz ki a grub.cfg-ben:
menuentry "Windows" {
	insmod chain
	insmod ntfs
	set root=(hd0,1)
	chainloader +1
}
Nyilván az insmod ntfs nem kell, az nem kérdés, és a chainloader sem ebben a formában, hanem úgy, ahogy nálad van, de kérdés, hogy az insmod chain nem hiányzik-e a generált .cfg file-ból.