Nem a case sensitive fájl rendszer szokott problémát okozni (mert abban egyféle fájlnév egyféle fájlnevet jelent) hanem a case insensitive.
De gyakorlati példa: Próbálj meg pl egy hatalmas kódbázist migrálni pl kódtárat, commitról commitra egy case insensitive fájlrendszerben. Garantáltan belefutsz valamibe, ami a végén nem lesz jó. Névkonvenciók meg nem véletlen vannak.
A case insensitive fájlrendszer szerintem felesleges kavarás. Szerintem ez user szinten is előjöhet, inkább hátrány.