Sikerült rendbeszedni a hiányzó fájllistát.
apt reinstall volt ami segített. Nagyon sok csomagot kellett így javítani!
Az is kiderült, hogy nem a proxyval van a baj, hanem valahol az apt-cacher-ng és a proxy között, mert ha csak a proxy-hoz megyek, akkor nem aggódig GPG aláírás hiányáért. Vajon mi lehet a baja?