Linuxra két ilyen megoldást ismerek, az egyik egy nem túl bizalomgerjesztő, de állítólag normálisan működő lengyel program, a Czkawfka, a másik, sokkal általánosabb megoldás, hogy az új lemezen Btrfs fájlrendszert használsz, és azon bekapcsolod másolás ELŐTT a dedup funkciót. Az utóbbi ugyan nem teljesen szabadul meg a duplikátumoktól, de azok nem foglalnak extra tárhelyet legalább.
MekkelekOS-re meg Nyílászárókra nincs ötletem, hogy azoknál mit érdemes erre használni. Keresőzni tudnék, de azt te is tudsz.