Ha igényes és reprodukálható grafikont akarok csinálni, akkor gnuplot.
Ha nagy mennyiségű adatot kell feldolgozni, vagy 3d-ben plotolni, akkor gnuplot.
Ha függvényt kell illeszteni, akkor gnuplot.
XML esetén excel, de miután megvan a többoszlopos formátum, utána már gnuplot :)
Nyilván ha gyorsan kell valami, akkor excel.