Az a baj, hogy a plugin doksija feltételezi, hogy az oprendszerben megy a certbot, nem pedig egy snapben. Ezért azt a parancsot írja le, amivel az OS-be lehet rakni a plugint. A certbotnál meg a snapbe rakás a default. Az első linkeden amúgy ott van, hogy snap install paranccsal kéne felrakni a plugineket is, és akkor valószínűleg látná a certbot a snapben. A másik verzió, hogy elfelejted a snapesdit.
Itt van még két opció, a konténeres, meg a venv + pip. A konténeres tuti megoldás, viszont csak a cert fájlokat fogja legenerálni, a futó daemonokhoz nem tud és nem is fog hozzányúlni (szerintem ez inkább előny, mint hátrány). A venv + pip egy korrekt megoldás, és nem is bassza össze az OS Pythont (mint ha venv nélkül próbálnád a pipesdit):