Egy kis pontosítás:
"Van 2x16 TB HDD-n egy "Backup" pool, azon belül további 7 pool (1-1 TB quota-val). A dedup és a compress a Backuptól öröklődik az al-pooloknak."
Itt gondolom set-ekre gondolsz. Backup pool (zpool parancs) és 7 set (zfs list parancs).
Amit én javasolnék ha van elég hely: zfs send-receive elvileg működik poolon belül. Tehát először dedup kikapcs, majd zfs send receive-vel átmásolod a set-eket, a régieket törlöd és átnevezed az újakat a régi nevére.