Huh, beleolvastam a threadbe, látom nagyon nem egyszerű a kérdés. :)
Egyébként a Git fejlesztők épp aktívan foglalkoznak a sparse-checkout nevű modullal, ami pont arra szolgál, hogy nagy repóknál csak egy-egy útvonalat is lehessen checkoutolni, ezáltal nem kell letölteni a teljes repót. A legutóbbi kiadással elvileg már egész használható állapotban van.