Lusta vagyok utánanézni, de én úgy tudom, hogy a Handbrake az az ffmpeg-et használja default, mivel a Handbrake csak egy GUI frontend, csak arra szolgál, hogy opciókat grafikusan be tudj állítani, és ne kelljen az ffmpeg mögé kézzel kapcsolókat hegeszteni, meg manualt nyálazni. Az se lehetetlen, hogy mencoder-t is be lehet neki drótozni, de hát azt minek. A másik, hogy az ffmpeg saját maga is meghívhat külső encodereket, pl. x264, x265, svt-av1, stb..
Én egyébként az ffmpeg-et mindenféle GUI nélkül használom. Igen, elsőre nehezebb, de egy adott konvertálási feladathoz csak egyszer kell kikísérletezni, megtanulni a kapcsolókat, amit aztán scriptbe is el lehet menteni, és onnan automatizálva több médiafájlra ráereszteni. Így nem kell a rendszerre minden egyes újratelepítéskor mindenféle grafikus bloatokat felrakni, amik állandóan frissülgetnek is. Ennek ellenére elismerem, hogy aki nem olyan IT/tech véna, annak hasznosak ezek a GUI frontendek, mert átlátja mit lehet állítani, kész profilok vannak, és kb. 1-2 kattintásból össze tudja hozni, amit akar. Amit én nem szeretek, azok a windowsos proprietary, one click gányolós encoder/converter szoftverek, és nem a windowsos meg a proprietary rész zavar bennük, hanem elég szarul konvertálnak mindent, hiába egyszerű őket használni, a végeredmény általában borzalom, nem csak az a baj, hogy vízjeleznek, hanem bitrátát, codec-et, konténertípust, stb.-t is alapvetően rosszul állítják be, és az egyszerű használatuk miatt sok felhasználó rácsábul, hogy ezekkel gányoljon. Nem csak ez egyszerűségük miatt, hanem a rommá SEO-zott oldalaik is elsőnek jönnek fel a keresőben, így a laikusok ezeket találják meg. Na, ezeket a Handbrake ffmpeg-gel meg rendes profilokkal bőven veri, mert nem csak hogy multiplatform, meg free open-source, de legalább tisztességesen, gányolásmentesen megcsinálja, amit kell, meg általában normálisan támogatja a többszálú kódolást is.