Tedd már a legújabb BIOS-t, az ki is fogja resetelni a beállításokat. Ha az után is hasonló a helyzet, akkor ez nagyon hardware hibának tűnik.
(Több tucat Supermicro szerverrel dolgoztam korrábban, és mindegyik hálókártyája csont nélkül működött CentOS alapokon.)