Megértettem, de továbbra is az volt az elképzelésem, hogy az 'eredeti' raspbian csomagokba nem írnak olyan függőségeket, amelyek más repotól függenek, így a függőség alapvetően nem szabad, hogy probléma legyen (ahogy pl. a Debian esetében a main ágban nincs függőség a contribra vagy a non-freere. Persze ha ezt nem tartják be, az már probléma.
Ha meg az ms csomagot teszed fel explicit módon, akkor tulajdonképpen megbíztál az ms repoban, ha el lett szúrva, akkor ne panaszkodj, te választottad.
De ahogy átgondoltam, nem kell ide függőség, elég, ha (akár tök véletlenül) betesznek egy azonos nevű csomagot az új repoba, ami egyébként már fenn van, és egy magasabb verziószámot adnak neki. Akkor egy sima apt upgrade is fel fogja tenni az 'idegen' csomagot. Lásd a korábban emlegetett PPA-k ott előfordul, hogy a fő repoval azonos csomagnév, újabb verzióval.