Végiggondoltam, és nem. Azzal hogy bekerült egy külön repo, a repo maintainere (azaz ez esetben a Microsoft) ha készít egy glibc csomagot, vagy akár egy kernelt, aminek magasabb a verziószáma, akkor egy sima apt upgrade parancs lecseréli az eredeti glibc-t a microsoft félével. Úgyhogy a megoldás gázosabb, mint ahogy először gondoltam.