Akkor ez viszont nem a te problémád - olyan értelemben legalábbis, hogy a Google indexelte a tartalmat.
A logokat illetően - logrotate + külön logfile minden vhost-nak? Így akkor csak erre a vhostra "veszíted" el a logok tartalmát időben visszamenőleg, a többire meglesz a history - már ha tényleg szempont az, hogy sok logot őrizzetek meg.