Ha jól értem amit írsz, és ami a problémád:
igen, a vetületekkel lehet baj. A google maps alapból a WGS84 (EPSG:4326) ellipszoidi koordinátákat érti, de megjelenítéskor átváltja egy merkétor vetületre (EPSG:3857 alias EPSG:900913). Magyarországon többek között az EOV rendszer van (EPSG:23700). Transformálni pár méteres pontossággal az API tud, hasonló megoldás a proj4 függvénykönyvtár. Mindkettő érti az EPSG kódokat.
Meg kéne tudni, hogy a megjelenítendő layer milyen rendszerben van.