Próbáltam kitalálni, hogy a példakimeneted kicsit téves. Ha tényeg, akkor így:
sed -e 's/\([^[:space:]]*\)\(\.x86_64\|\.noarch\)[[:space:]]\+\([^[:space:]]*\)\(\.el6\(_6\)\?\).*/\1-\3\4\2/'
Ha tényleg x86_64-et akarsz a noarch helyett is, akkor a \2 helyére .x86_64 kerül.