Én fordítva oldom meg shellben, 2 menetben. Nem kell kiszállni, mert közben folyamatosan shellben vagyok :)
makefile-t, írok, make-kel fordítok és sed-del beszúrok sor elé, -mögé,
a végén meg fordul késztermékbe.
pandoc ... -o out.tex
sed -i \
-e '/\\begin{document}/i \\\usepackage{pgf}'
-e '/\\usepackage{pgf}/a \\\logo{\\pgfputat{\\pgfxy(-1,8)}{\\pgfbox[center,base]{\\includegraphics[width=1.6cm]{images/logo.png}}}}'
-e 's/includegraphics{images/includegraphics[width=9.5cm]{images/' out.tex
pdflatex out.tex