Sok mindennel egyetértek, amit írsz, de azért ne keverjük össze a "beleszemetelés ... a forráskódba"-t a naplózással.
A naplózás az nem felesleges dolog, hanem általában egyenesen szükséges is. (Ki, mikor lépett be/ki a rendszerbe/rendszerből, miket miről mire módosított, ...)
Ha van jó naplózás, akkor oda nagyon szépen belefér a debug szintű log is, amit éles (production) használatnál nem kapcsolnak be (bent van a kódban, de mégsem fut).