A leállítással nincs semmi probléma. Windowsból is meg lehet oldani scheduled taskként, linuxból még egyszerűbb cronból szabályosan leállítani a rendszert. Leállítás guest rendszeren belül tökéletesen megoldható.
Az indításhoz már Virtualbox vezérlő VBoxHeadless vagy VBoxManage kell. El is indulnak rendesen csak az a probléma, hogy ablak nem nyílik meg hozzá. Ez pedig probléma mert a guest Windowsok desktopként is használatban vannak.