A következőket tenném:
- az 1 TB-os lemez legyen a rendszerlemez, mert várhatóan az a gyorsabb, a rendszer meg kicsi, elfér rajta bőven
- a GPT/MBR nagyjából mindegy - ha lesz EFI-s alaplapod valószínűleg annak is lesz legacy boot módja, amivel tudsz MBR-rel is bootolni
- nem csinálnék sok partíciót, inkább csinálnék LVM-et, ha nem értenék hozzá, akkor megtanulnám.
Egyébként újratelepíteni sem kell. Berakod az új vinyót, partícionálod, átmásolsz rá mindent, telepítesz rá GRUB-ot, kiveszed a régi vinyót, bootolsz. Nem bonyolult...