A legtöbb licenc a web alapú alkalmazásokat nem tekinti terjesztésnek (az angol szakkifejezés: distribution), így a legtöbb licenc nem rendelkezik az ilyen alkalmazások módosított forráskódjának kiadásáról. Amennyire tudom, a GPLv3 az egyetlen olyan általánosan használt licenc, ami ezzel is foglalkozik. Nézd meg itt:
http://www.oss-watch.ac.uk/resources/gpl3final.xml#body.1_div.5
Ha GPLv2, BSD, PD és egyéb nyílt forrású licenc alatt vannak a kódok, akkor nem lehet gond. Egyébként is a JS forráskódja jellegénél fogva publikálásra kerül :)
Ha teljesen saját fejlesztés, akkor a php kódot nem kell publikálnod, mert nem módosítod valamelyik forrást, hanem te alkotsz újat. Interpreteretált nyelvek használata esetén egyébként is furcsa lenne, ha a program licencét befolyásolná az interpreter licence (bár ez nem nyílt forrású licenc esetén akár lehetséges!).