Abban az Xdefaults-ban én UXTerm és URxvt esetén látom a loginShell beállítást. Nem lehet, hogy mondjuk alapból olyan terminál nyílik, amelyik más nevű resource-ot használ (kapásból az a véleményem, hogy a standard xterm, vagy az XFCE Terminal-ja ilyen pl.). A konzolos megjegyzésed alapján jó helyen keresgélsz, és valamiért nem login shell-t indít az adott "xterm".
Jav: az xterm-nél megtaláltam, hogy XTerm-nek hívja a resource class-t, de a Terminal esetében nem találtam meg. De esetleg próbáld meg inkább "*.loginShell: true" formában :-)